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DAY 1
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Software Development

BioFlowX - 生物資訊雲端專案系列 第 1

Day01-專案緣起與計畫

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在生物資訊與基因檢測的領域打滾多年,大部分的都是在看前輩或是高手的文章,大家都很厲害,不過比較少人提及由一個檢測樣品進入實驗室資料庫到數據分析到發報告的流程,因此我打算介紹這樣的軟體產品的開發,而這個產品被我命名為BioFlowX。

當然,這個產品的規模一定不會太大,而我也盡量使用開源或是免費的技術或平台做串連,如果需要更大規模的話,把相關步驟的做個技術轉移就可以了。

BioFlowX 是一個針對生物資訊(Bioinformatics)領域的全面專案,整合相關技術和工具,以實現高效的生物資訊分析和管理。這個專案分為三個主要部分:

部分一:基本工具和技術
在這一部分中,我們將探討生物資訊工具 Nextflow 的使用,並介紹如何在 AWS 雲端環境中部署生物資訊計算資源。我們還將深入研究 AI 模型的建立,並建立實驗室資料庫,以及如何使用 Ragic 資料庫 API 進行資料串接。

部分二:Nextflow 和 AWS 的應用
這一部分將更深入地瞭解 Nextflow 工作流程和 AWS 運算雲端的應用。我們將介紹如何使用 Nextflow 進行生物資訊工作流程,以及如何在 AWS 上建立和管理計算資源。您將了解如何在 AWS 環境中優化生物資訊計算資源的成本,以及如何在 AWS 上部署生物資訊應用程式。我們還將討論 AWS S3 儲存和 AWS Lambda 的應用,以實現生物資訊自動化。

部分三:AI 模型和資料庫應用
這一部分將深入研究生物資訊中的人工智慧模型建立,以提高分析效率。我們將探討實驗室資料庫的設計和管理,並介紹如何收集和整合生物資訊數據。您將了解如何使用 Ragic 資料庫 API 連接生物資訊數據,並實現數據可視化。我們還會討論生物資訊數據庫的安全性和性能優化。最後,我們將通過成功案例研究來展示這些技術和工具在實際生物資訊專案中的應用。

BioFlowX 專案目的幫助自己在能力上更提昇,也希望透過這個介紹與大家交流,利用相關技術來分析、管理和報告生物資訊數據。每個部分都涵蓋了多個主題,共有三十篇文章。


系列文
BioFlowX - 生物資訊雲端專案1
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